Les nuits de Tokyo sont chaudes pour John Rain, le tueur à gages spécialisé dans les « morts naturelles ». Yakuzas sadiques, politiciens véreux, agents troubles de la CIA, tous n'ont qu'un objectif : lui faire la peau.

Après ce qui devait être sa dernière mission, le meurtre d'un puissant chef de gang, John Rain est décidé à se retirer des affaires. Mais son passé le rattrape : mafia japonaise et CIA, ses anciens employeurs, se rappellent à son bon souvenir. Traqué, menacé, John doit reprendre du service.

Joignant ses forces à celles de son ami Tatsu, un agent du FBI japonais en lutte contre la corruption, il part en guerre. Son champ de bataille : Tokyo, ses ruelles obscures, ses avenues grouillantes, ses bars à hôtesses, là ou danse l'ensorcelante Naomi, la belle métisse aux yeux verts.

Quand sa route croise celle de Murakami, un terrifiant yakuza expert en combats mortels, John sait que son sort est scellé : des deux hommes, un seul survivra...